Am 10. Oktober 1898 wurde der Giesinger Bahnhof „auf der grünen Wiese“ an der Strecke vom Münchner Ostbahnhof nach Deisenhofen eröffnet. Der Bahnhof lag damals noch über einen Kilometer von Giesing entfernt. Seit Januar 1901 wird der Bahnhof als „München-Giesing“ bezeichnet.
Dem Bau der Bahnstrecke und der Eröffnung des Bahnhofs 1898 waren seit 1886 Diskussionen zwischen den Gemeinden an der Strecke und der Generaldirektion der Königlich Bayerischen Staatseisenbahnen vorausgegangen. Ein Argument der Befürworter des Bahnhofs in Giesing war, dass der Bahnhof mit drei täglichen Zügen nach Deisenhofen Ausgangspunkt für Ausflüge nach Bad Tölz und Holzkirchen sein könnte.
In den Anfangsjahren des Bahnhofs wurde dieses Angebot allerdings nicht angenommen, da die Züge vom Ostbahnhof nach Deisenhofen 38 Minuten brauchten – länger als die Fahrt vom Hauptbahnhof ins Voralpenland, die zwar teurer, aber schneller war. Das verbesserte sich 1904, als die Geschwindigkeit der Züge auf 60 km/h erhöht wurde. So wurde der Giesinger Bahnhof zunächst zum Startpunkt für Ausflüge zum Pilzesammeln im Hofoldinger Forst, mit dem weiteren Streckenausbau dann auch für Bergsportler.
Auf dem Bahnhofsgelände befand sich während des Zweiten Weltkriegs ein Außenlager des Konzentrationslagers Dachau. Rund 500 polnische, niederländische, ukrainische, jugoslawische, belgische und französische Zwangsarbeiterinnen, die bei der auf Kriegswirtschaft umgestellten Firma Agfa in Giesing Raketenbauteile und Zünder für Flakgranaten herstellen mussten, waren in dem noch nicht fertiggestellten Wohnkomplex an der heutigen Weißenseestraße 7–15 untergebracht.
Im Zuge des Baus des S-Bahn-Netzes, das bis zu den Olympischen Sommerspielen in München 1972 fertiggestellt wurde, erhielt der Giesinger Bahnhof zudem einen S-Bahn-Anschluss. Das Bahnhofsgebäude steht seit 1985 unter Denkmalschutz. Seit 2004 beherbergt es das Stadtteil-Kulturzentrum Giesinger Bahnhof mit Veranstaltungsräumen, dem Archiv des Trägervereins Freunde Giesings und einer Gaststätte.
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