Um das Jahr 1900 gehörten zur Pfarrei St. Georg in Bogenhausen bis zu 5000 Katholiken, so dass der Bau einer neuen Pfarrkirche notwendig wurde. In der Urkunde zur Grundsteinlegung am 25. Mai 1934 war zu lesen: „Nach vielen Versuchen, die bis auf das Jahr 1912 zurückgehen und bald einen Neubau neben der Gebeleschule, bald einen Erweiterungsbau oder Umbau der St. Georgskirche ins Auge fassten, kam endlich die Erbauung dieser Kirche zustande.“
Den Kirchenbauplatz am damaligen Secchiplatz erhielt die Kirchenstiftung Bogenhausen als Schenkung von der Stadtgemeinde München. Der erste Spatenstich für die neue Kirche Heilig Blut fand am 18. März 1934 und die Einweihung durch Erzbischof Kardinal Faulhaber am 1. November 1934 statt. Der Architekt Hans Döllgast schuf eine dreischiffige Hallenkirche in einfachen und klaren Formen. Sie hat eine Länge von 40 Metern und eine Breite von 16 Metern. Die von Richard Braun 1950 bemalte Holzdecke wird von 14 runden Säulen getragen (14 Nothelfer, 14 Kreuzwegstationen). Das Altarbild stammt von Albert Burkart, ebenso die Wandfresken von 1941 im nördlichen und südlichen Seitenschiff. Auf dem Fresko mit dem auferstandenen Christus sind einige, zum Kirchentitel passende Heilige abgebildet: Gertrud, Judas Thaddäus, Theresia v. Lisieux, Albertus Magnus, Longinus, Bruder Konrad, Hedwig und Johannes Bosco. Vom Altöttinger Kapuzinerbruder Konrad von Parzham, der 1934 heiliggesprochen wurde, gibt es eine Reliquie.
Den Reliefbogen über dem Hauptportal gestaltete Georg Pezold. Im Bogenfeld sind neben dem Lamm Christi die Symbole der vier Evangelisten dargestellt. Das Mosaik „zwei Engel mit dem Schweißtuch Christi“ aus geschliffenen Natursteinen im Giebelfeld schuf Günther Graßmann. Das Wappen daneben verweist auf Kardinal von Faulhaber, der die Kirche weihte und das Wappen an der Kirchensüdseite neben der Sonnenuhr erinnert an den ersten Pfarrer von Heilig Blut, den Prälaten Maximilian Blumschein.
In der Nacht vom 2. auf den 3. Oktober 1943 brannte die Kirche durch Bombeneinschlag bis auf die Umfassungsmauern aus. Turm, Sakristei und Unterkirche blieben erhalten. Die kirchlichen Einrichtungsgegenstände konnten nur zum Teil gerettet werden. Erhalten geblieben ist das Altarbild, der Tabernakel vom Silberschmied Johann Michael Wilm (1885–1963), die Statue des Auferstandenen von Theodor Georgii und die Ölberggruppe von Oswald Hofmann.
1950 baute man die Kirche unter Leitung von Hans Döllgast wieder auf. Der nun höhere Turm erhielt 1953 ein flaches Satteldach anstatt des früheren Spitzturmes. Der Kreuzweg (die Druckplatten entstanden um 1932) besteht aus Holzschnitten der Künstlerin Ruth Schaumann. Die Josefsfigur aus den 1950er Jahren stammt von Maria Elisabeth Stapp (1908–1995) und die Bronzefigur des hl. Antonius von Padua von Klaus Backmund. Hans Wimmer schuf die bronzene Heilig-Geist-Taube über dem von Architekt Oswald Hermann entworfenen Weihwasserbrunnen, ehemals der Taufstein der Kirche. Der heutige Taufstein mit Deckel (2009) stammt von Josef Alexander Henselmann wie auch die Delpbüste und das Gitter hinter der Madonnenstatue von Josef Hien, das sich aus 122 abstrahierten Engeln zusammensetzt. Das Kriegerdenkmal ist ein Werk von Josef Henselmann; den Steinaltar, den Bronzeambo und den Osterleuchter entwarf Max Faller.
Für ein Jahr war Joseph Ratzinger, der spätere Papst Benedikt XVI., Kaplan in der Pfarrei. An ihn erinnern seit 2009 die Glasbilder von Josef Alexander Henselmann „Deus Caritas Est“ am Eingangsportal.
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