Die Kirche gilt aus kunsthistorischer Perspektive als der wohl erste Renaissancebau Münchens. Für die Gläubigen früherer Jahrhunderte war sie vor allem ein Ort, an dem das wohl wichtigste Gnadenbild der Stadt zu finden war.
Die Ursprünge des Herzog-Spitals gehen vermutlich auf das Jahr 1550 zurück und beruhen auf einer Initiative von Erzherzog Albrecht V. Die Spital-Kirche wurde von Hofbaumeister Heinrich Schöttl errichtet, der auch für den Ausbau von Schloss Dachau verantwortlich war. 1572 wurde sie zu Ehren der heiligen Elisabeth geweiht und gilt als ältester Renaissancebau Münchens, obwohl auch gotische Elemente, wie Rippen, verwendet wurden. 1945 wurde die Kirche im Krieg zerstört, ohne dass es bekannte bildliche Dokumentationen des Innenraums gibt. Der erhaltene barocke Turm gehört nicht zum Spital, sondern zum 1728 errichteten Servitinnen-Kloster, das östlich an das Spital anschloss.
Die Trakte des Spitals westlich der Kirche waren „für die arme kranke und alte Hofdienere“ bestimmt, wie Herzog Maximilian I., der Enkel Albrechts bestätigte. Trotz eines Fassungsvermögens von etwa 200 Personen ließ Maximilian von 1626 bis 1632 auch noch das Joseph-Spital auf der gegenüberliegenden Seite errichten, das mit dem Herzog-Spital einen gemeinsamen Innenhof teilte. Nach Umbauten 1676 und 1727 wurde das Herzog-Spital 1800 aufgelöst.
Ein bedeutendes Kunstwerk des Herzog-Spitals war die Statue der Schmerzhaften Muttergottes, die 1651 von Tobias Bader geschaffen wurde. 1690 soll die Statue ihre Augen gewendet haben, was zu einer regen Verehrung als Gnadenbild führte. Die erhaltene Statue wurde nach dem Krieg im Neubau wieder aufgestellt.
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