Im zweiten Weltkrieg und den Nachkriegsjahren musste die Sammlung der Städtischen Galerie im Lenbachhaus, wie auch die anderer Münchner Museen, mehrmals umziehen. Von Depots außerhalb der Stadt zum Schutz vor dem Krieg, kam sie über eine Sammelstelle auf der gegenüberliegenden Seite des Königsplatzes langsam wieder zurück ins Lenbachhaus.
In der Zeit des Nationalsozialismus wurde in der Städtischen Galerie sowie in anderen Häusern der Ankauf neuer Werke durch Verordnungen des Kulturamtes und durch ein grundsätzliches Ankaufsverbot „nicht-arischer“ Kunst eingeschränkt. Zudem wurde als „entartet“ diffamierte Kunst, etwa Werke jüdischer Künstler*innen, des Expressionismus und des Kubismus sowie Motive, die nicht der nationalsozialistischen Kunstauffassung entsprachen, aus dem Bestand genommen.
Um die Sammlung vor alliierten Luftangriffen zu schützen, wurden die Werke zunächst im Keller des Lenbachhauses gelagert. Darüber hinaus wurden besonders wertvolle Kunstwerke ab April 1941 auf Schloss Hohenaschau untergebracht. Einige der zurückgebliebenen Werke wurden 1943 bei einem Bombenangriff beschädigt, sodass die gesamte Sammlung aus der Stadt gebracht werden sollte. Stückweise wurde die Kunst in Ausweichlager in Schlössern und Burgen gebracht. Annähernd die komplette Münchner Städtische Galerie befand sich schließlich an verschiedenen Standorten im ländlichen Bayern, an Orten, die weniger gefährdet waren als der zentral gelegene Königsplatz im Zentrum des NS-Parteiviertels. Solche Notdepots wurden nicht nur für die Museumssammlungen, sondern auch für die Lagerung geraubter Kulturgüter genutzt. All diese Kunstschätze wurden nach Kriegsende von den Alliierten an zentrale Sammelstellen wie den Central Art Collecting Point (kurz CCP) am Münchner Königsplatz gebracht. Dort wurden Werke aus den Sammlungen der Münchner Museen ebenso wie Raubkunst aus europäischen Nachbarstaaten und jüdischem Privatbesitz eingeliefert. Die Sammlung der Städtischen Galerie kam aus den Notdepots ebenfalls in den CCP München, in dem für einige Zeit die Sammlungen der Museen dicht gedrängt aufbewahrt wurden. Dazu äußerte sich Hans Konrad Röthel, einer der Zuständigen am CCP, folgendermaßen:
„Trotz mancher Beengung und trotz mancher Provisorien stellt diese Hausgemeinschaft angesichts der beklagenswerten Raumnot der Münchner Kulturinstitute […] eine ideale Lösung dar.“ (zit. nach: Röthel 1948, S. 10).
Weil das beschädigte Lenbachhaus erst wieder instandgesetzt werden musste, blieben die Werke der Städtischen Galerie bis 1948 noch im Münchner CCP.
Die Rückführung der Sammlungen war eine Hauptaufgabe des CCP. Nach und nach wurde die Sammlung der Städtischen Galerie über den Königsplatz zurück ins Lenbachhaus geholt. Mehrere Werke wurden in diesem Zusammenhang in den Jahrzehnten nach Kriegsende als NS-verfolgungsbedingt entzogen identifiziert und anfangs über den CCP und später über die Münchner Behörden an die rechtmäßigen Eigentümer restituiert. Zudem wurden auch als „entartet“ aussortierte Werke zurück in die Sammlung aufgenommen und wieder ausgestellt.
Der CCP wurde als Ausgangspunkt für viele Restitutionen von während des NS entzogenen Kulturgütern aus den Notlagern genutzt. Doch bei einem gewissen Restbestand gelang dies nie. Diese übriggebliebenen Zweifelsfälle durchliefen nach dem Krieg aufgrund der Unklarheit der Besitzverhältnisse mehrere Stationen. Zunächst unterlagen sie bis etwa 1949 der Verantwortung der Alliierten, wurden dann in die Hände des Bayerischen Staates übergeben, später vom Bund verwaltet und – als unbedenklich eingestuft – ab 1963 Eigentum des Bundes. Als Leihgaben wurden diese Zweifelsfälle zur Ausstellung verschiedenen deutschen Museen überlassen, so auch der Städtischen Galerie für Ausstellungen wie „Restitutionspolitik“ der Konzeptkünstlerin Maria Eichhorn im Jahr 2004.
Die Untersuchung der Sammlung auf NS-verfolgungsbedingt entzogene Kunstwerke ist bis heute nicht abgeschlossen; das Lenbachhaus restituiert weiterhin einzelne Werke.
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