Herzog Wilhelm III (1375–1435, reg. 1397–1435) verwahrte in einem Gewölbe in der Neuveste (Residenz) einen nur ihm zugänglichen persönlichen Urkundenbestand. Ursache für die vorübergehende Verlagerung wichtiger Dokumente aus dem Alten Hof in die Neuveste waren Auseinandersetzungen der Wittelsbacher Herzöge mit den Münchner Zünften.
1756 zog das Innere Archiv in die Nordwestecke des Kaiserhofs in einige Räume unter dem Vierschimmelsaal. Nach der Umstrukturierung der Archive 1799 übernahm das neu gegründete Hausarchiv diese Räumlichkeiten. 1932 wird es in das Erdgeschoss des 1839 fertig gestellten Apothekenbaus verlegt. Bei einem Bombenangriff im Jahr 1944 gingen dort noch nicht ausgelagerte Akten verloren.
Ende des 18. Jahrhunderts befand sich auch der als Winterregistratur bezeichnete Teil der Geheimen Staatsregistratur in der Neuveste. Diese Registratur ging 1799 in das geheime Staatsarchiv über und verblieb bis zu seiner Verlegung in den Alten Hof in der Residenz.
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