Pfarrer Johann Georg Walser (1848–1871) unternahm 29 Bettelreisen, um Geld für den Bau der Kirche zu beschaffen. Unter anderem mit den dadurch gewonnenen Spenden erwarb die Gemeinde Haidhausen gemeinsam mit der Kirchenverwaltung 1849 den heutigen Johannisplatz, um eine neue Kirche zu bauen. 1852 wurde schließlich der Grundstein für die neue Pfarrkirche gelegt.
1854 wurde Haidhausen nach München eingemeindet. Da die Gemeinde Haidhausen 1849 15.400 Gulden für den Bauplatz gezahlt hatte, herrschte im Magistrat der Stadt München die Meinung, dass das Grundstück samt Kirchenbaustelle Eigentum der Stadt sei. Zudem stiegen die Baukosten, die nunmehr die Stadt München zu tragen hatte, immer weiter. Die Bauarbeiten wurden gestoppt, um die Eigentumsverhältnisse zu prüfen. Die Gutachten ergaben, dass die Gemeinde Haidhausen den Grund erworben hatte und damit die Stadt München Eigentümerin sei. Das Grundstück sollte der Kirchenverwaltung aber zur Benutzung überlassen werden, vorausgesetzt, die Kosten würden von der Kirchenverwaltung übernommen. Diese drohte daraufhin, das Gebäude nicht zu weihen, sollte die neue Pfarrkirche städtisches Eigentum werden.
Um die Frage nach dem Eigentum und der Finanzierung 20 Jahre nach dem Baubeginn abschließend zu klären, wurde ein Gerichtsverfahren eingeleitet. Nach drei Instanzen einigten sich Stadt und Kirche in einem Vergleich: Der Bau wurde Eigentum der Kirche, diese musste der Stadt jedoch für die bisher geleisteten Zahlungen eine Entschädigung in Höhe von 200.000 Mark zahlen, auf welche die Währung in der Zwischenzeit umgestellt worden war. Der erste Gottesdienst in der neuen Pfarrkirche fand am 24. August 1879 statt.
Die neugotische Kirche wurde nach Plänen von Matthias Berger (1825–1897), einem Schüler Friedrich von Gärtners (1791–1847), im Maximiliansstil errichtet. Eine kleine Büste über dem linken Kirchenportal zeigt den Architekten.
Die Fassade war ursprünglich mit gelben Terrakotta-Steinen verkleidet. Ihr 91 Meter hoher Westturm macht sie zur sechsthöchsten Kirche Münchens und zur höchsten Kirche Münchens östlich der Isar.
Die Kirche ist mit 21 Glasfenstern nach Entwürfen von Augustin Pacher (1863-1926), Jakob Bradl (1864-1919) und Wilhelm Megerle (geb. 1863) ausgestattet, die zwischen 1903 und 1918 gestiftet wurden.
1949 wurde ein Kirchenpfleger von einer herunterfallenden Kreuzrippe erschlagen, die sich vermutlich durch von Fliegerbomben im Zweiten Weltkrieg verursachte Druckwellen gelockert hatte. Im Zuge des Wiederaufbaus 1956 wurde die Kirche versachlicht. 1978 wurde das Netzrippengewölbe durch aufgemaltes farbiges Bandgeflecht von Peter Burkart ersetzt. 1980 wurde der Bau einer Tiefgarage unter dem Johannisplatz von einer Bürgerversammlung verhindert.
1995 wurde der Altarraum umgestaltet und erhielt 1998 einen neuen Altar und Ambo sowie sechs Altarleuchter aus Laaser Marmor, entworfen von der Bildhauerin Carola Heine. Von der neugotischen Einrichtung sind der Hochaltar aus Laaser Marmor, umgesetzt 1860 von Joseph Knabl, sowie die Kommunionbank, die Seitenaltäre sowie die Figuren aus Carrara-Marmor erhalten geblieben.
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