Der heutige Kirchenbau stammt aus dem 13. Jahrhundert, belegt durch die spätromanische Wandmalerei an der Nordwand des Langhauses. Die Mauerstärke des Turms beträgt im unteren Bereich etwa 1,80 Meter. Er diente in Notzeiten als Zufluchtsort, die Schalllöcher als Ausguck und Schießscharten. Über den Kirchenspeicher und von dort durch ein Schlupfloch gelangte man in den Turm, eine Leiter führte zum unteren Teil hinab.
Die Hofmarksbesitzer Ridler und Mayr
Im 15. Jahrhundert wurde Johanneskirchen als geschlossene Hofmark vom Münchner Geschlecht der Ridler erworben. In den Chorbogen sind deren Epitaphien eingelassen. An der Nordwand erinnert ein Renaissancestein an Maria Ridler (1546–1621). Dieser Grabstein aus Untersberger Rotmarmor stammte aus der Münchner Frauenkirche. Einen weiteren Gedenkstein gibt es für Maria Josepha Theresia Freifrau von Mayr, geb. von Ridler (1703–1791) und an der Südseite des Chorbogens befindet sich der Gedenkstein für Maria Josepha Freifräulein von Mayr (1732–1799).
Der Choraltar von 1624
Über einen „neuaufgesetzten Choraltar“, der durch die Hofmarksbesitzer Ridler für 155 Gulden angeschafft wurde, gibt uns ein „Verhörprotokoll“ von 1624 Auskunft. Damals sollte jeder örtliche Bauer seinen Teil je „nach Gestalt seines besitzenden Gutes“ zur Bezahlung beitragen. Anlässlich der Barockisierung 1688 wurde ein Durchbruch zwischen Langhaus und Turm geschaffen, und dieser Hochaltar, der sich vor der Wand des Turmes befand, in den Turm eingebaut. Der neu geschaffene Chorraum und der Chorbogen erhielten eine Stuckierung in frühbarocken Formen. In der Mitte der Wölbung des Chorraums bildet ein reich gegliedertes Rahmenwerk ein Vierpaßfeld in dem das Monogramm Christi im Strahlenkranz erscheint. Fein durchgearbeitete Stuckrahmen sind an der Chorbogenleibung angebracht. In den seitlichen Rundfeldern sind fruchtkorbtragende Engelsköpfe von Akanthusranken umgeben, im Mittelfeld erscheint das Wappen der Hofmarksbesitzer.
Der Hochaltar
Der Hochaltar von Ignaz Günther aus der Zeit um 1770 ist das Prunkstück der Johanneskirche. Der Altar misst eine Höhe von 5,05 Metern und wirkt in den 3,35 Metern breiten und 5,17 Meter hohen Chorraum wie hineingepresst. Dass er für eine andere Kirche gemacht worden ist, liegt deshalb nahe. Die Kirchenrechnung der Johanneskirche von 1807/08 bestätigt die Herkunft des Hochaltars aus der Klosterkirche St. Maximilian der Barmherzigen Brüder. Die Barmherzigen Brüder erhielten im Jahre 1750 durch den Kurfürsten Maximilian III. Joseph die Erlaubnis in der Nähe des Sendlinger Tors ein Kloster und ein Hospital zu errichten. In der zugehörigen Spitalkirche St. Maximilian befanden sich sieben Altäre, darunter vier Seitenaltäre ausgestattet mit je zwei Statuen, einem Baldachin, zwei Engeln und einem Vorsatzbild. Die Altäre erhielten folgende Altarbilder: 1. Herz Jesu mit dem Vorsatzbild der schmerzhaften Mutter Gottes, 2. Herz Mariä und das Schweißtuch der hl. Veronika, 3. Augustinus und Christus an der Geißelsäule und 4. Johann von Nepomuk, mit dem Vorsatzbild Maria vom guten Rat. Laut Voranschlag kostete ein Altar etwa 700 Gulden. Das Kloster der Barmherzigen Brüder wurde mit der Säkularisation 1803/04 aufgehoben. Ernst von Destouches beschreibt 1869 die vorgenommene Versteigerung von Einrichtung und Paramenten der Kirche. Den Johannesaltar kaufte laut Destouches der Münchner Bürgermeister und Hofmarksbesitzer Markus von Mayr für 75 Gulden. Er wählte den Nepomuk-Altar, da dieser mit den Statuen Zacharias und Elisabeth, den Eltern von Johannes dem Täufer, ausgestattet war. Das heutige, ovale Altarbild stammt von 1809 und zeigt die Taufe Jesu durch Johannes. Das Vorsatzbild stellt Christus an der Geißelsäule dar, der vom Augustinus-Altar stammte.
Neugestaltung der liturgischen Orte im Jahre 2022
Anlässlich der 1200-Jahrfeier Johanneskirchens wünschte sich die Pfarrgemeinde, die Johanneskirche wieder vermehrt als Taufkirche zu nutzen. Zu einer Taufkirche gehört aber ein fester Taufstein. Ein steinerner Volksaltar und ein neues Ambo standen ebenfalls auf der Wunschliste. 2016 beschloss man, die neue Altarraumgestaltung anzugehen und 2018 stand fest, dass die beiden maroden Reste der Seitenaltäre aus dem 19. Jahrhundert entfernt werden sollten. Als Künstler für den neuen Volksaltar, Taufbecken und Ambo wählte man Toni Stegmayer. Seit Fertigstellung der Umgestaltung kann man den Hauptaltar von Ignaz Günther in seiner ursprünglichen Zusammenstellung bewundern.
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