Herzog Wilhelm V. (1548–1626, reg. 1579–1597) ließ das nach ihm benannte Gebäude als Jesuitenkolleg zwischen 1585 und 1590 nach Plänen des Architekten Friedrich von Sustris (1540–1600) errichten. Nachdem der Jesuitenorden in Bayern 1773 aufgehoben wurde, nutzten verschiedene Institutionen, darunter ab 1774 auch die Hofbibliothek und ab 1777 das Äußere Archiv (ursprünglich das Gewölbe vor dem eigentlichen Archiv) die freigewordenen Räumlichkeiten.
\nMit der Reorganisation der Archive 1799 wurde das Äußere Archiv aufgelöst. Die Dokumente gingen zum größten Teil an das neu gegründete Landesarchiv über, das ebenfalls im Wilhelminum unterkam. 1812 wurde es in das Allgemeine Königliche Reichsarchiv überführt, das 1843 in das neu errichtete Bibliotheks- und Archivgebäude – das heute ausschließlich von der Bayerischen Staatsbibliothek genutzt wird – an der Ludwigstraße umzog. Drei Jahre später, 1846, wurde das bislang auf drei verschiedene Gebäude (Alter Hof, Wilhelminum, Herzog-Maxburg) verteilte Geheime Staatsarchiv im Erdgeschoss des nördlichen Flügels im Wilhelminum zusammengeführt, wo es bis zur Zerstörung des Baus im Zweiten Weltkrieg blieb. Die meisten Bestände wurden rechtzeitig ausgelagert.
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